Vasco da Gama

Het bezoek van Vasco da Gama in 1498 markeerde het begin van de Europese invloed. In 1503 of 1504 werd Zanzibar een deel van het Portugese Rijk toen Captain Ruy Marques op het eiland landde en eerbetoon eiste, en kreeg, van de sultan in ruil voor vrede. Zanzibar bleef een bezit van Portugal voor bijna twee eeuwen. Het werd in eerste instantie een deel van de Portugese provincie Arabië en Ethiopië en werd bestuurd door een gouverneur-generaal. Rond 1571, werd Zanzibar een deel van de westelijke divisie van het Portugese rijk en werd het bestuurd vanuit Mozambique. De precieze oorsprong van de sultans van Unguja zijn onzeker.

Vanaf1698 viel Zanzibar onder de controle van het Sultanaat van Oman. Said bin Sultan verhuisde zijn hoofdstad van Muscat, Oman, naar Stone Town in Zanzibar City. Na de dood van Said in juni 1856, vochten twee van zijn zonen, Thuwaini bin Said en Majid bin Said, om de opvolging. Said wilde zijn bezittingen verdelen in twee afzonderlijke overheden, met Thuwaini als de Sultan van Oman en Majid als de eerste sultan van Zanzibar.

Controle van Zanzibar kwam uiteindelijk in handen van het Britse Rijk. Zanzibar was het centrum van de Arabische slavenhandel, en in 1822, dwong de Britse raad in Muscat de sultan Said om de slavenhandel te beëindigen. Said verloor de opbrengst hij als belasting op alle slaven die werden verkocht en omdat goed te maken moedigde hij de ontwikkeling van de slavenhandel in Zanzibar zelf. Said kwam onder toenemende druk van de Britse slavernij af te schaffen en in 1842 besloot de Britse regering dat de heerser vanuit Zanzibar definitief de slavenhandel naar Arabië, Oman, Perzië, en de Rode Zee diende af te schaffen.

Schepen van de Royal Navy dwongen de anti-slavernij verdragen af en elke dhows met slaven aan boord diende hen te volgen. De Royal Navy had echter maar slechts vier schepen voor het patrouilleren van groot deel van de zee. De Britse marine vond het moeilijk om de verdragen als schepen dwingen uit Frankrijk, Duitsland, Spanje, Portugal en de Verenigde Staten. In 1856 consolideerde Sultan Majid zijn macht rond de Grote Meren in Afrika en de slavenhandel. In 1873 Sir John Kirk geïnformeerd Sultan Barghash, dat een totale blokkade van Zanzibar op handen was. Met tegenzin ondertekende Barghash het Anglo-Zanzibar verdrag dat de slavenhandel in gebieden van de sultan, de sluiting van alle slaven markten en de bescherming van de bevrijde slaven, bekrachtigde. In 1890 werd Zanzibar een protectoraat (niet een kolonie) van Groot-Brittannië. Deze status betekende dat het onder de soevereiniteit van de sultan van Zanzibar bleef.